Am Anfang das Sanktuarium befand sich in der Klosteranlage der Kongregation der Schwestern der Muttergottes der Barmherzigkeit in Krakau-Łagiewniki. Das Kloster der Kongregation der Schwestern der Muttergottes der Barmherzigkeit in Krakau-Lagiewniki entstand im Jahr 1891 als Stiftung des Fürsten Alexander Lubomirski. Im Zeitraum zwischen beiden Weltkriegen im Klostar wohnte und starb S.Faustyna (1905-1938). Jesus wählte Schwester Faustyna als Seine Sekretärin und Apostelin Seiner Barmherzigkeit, um durch sie der Welt die große Botschaft zu verkünden. Die Aufgaben von Schwester Faustyna waren die Barmherzigkeit Gottes für die ganze Welt zu erbitten, u. a. durch die von Jesus empfohlenen neuen Kultformen der Barmherzigkeit Gottes: das Bild des Barmherzigen Jesus mit der Unterschrift: Jesus, ich vertraue auf Dich, das Fest der Barmherzigkeit Gottes am ersten Sonntag nach Ostern, der Rosenkranz zur Barmherzigkeit Gottes, das Gebet in der Stunde. Im Jahr 1943 krakauer Beichtvater der Schwester Faustyna Vater J. Andrasz SI hat das erste Bild des barmherzigen Jesus geheiligt. Dieses Bild wurde durch A. Hyły gemalt und als das Votum für die Rettung seiner Familie während Krieg und infolge davon Dankgottesdienste für die Barmherzigkeit Gottes. Dieses Bild wurde durch viele Gnaden weltbekannt, deswegen von Jahr zu Jahr steigt die Zahl der Pilgern, die auch das Grab von Schwester Faustyna besichtigt.
Sehr dynamische Entwicklung des Kults der Barmherzigkeit Gottes startete nach der Beatifikation der Schwester Faustyna (18 Aprils 1993) und nach ihre Heiligsprechung (30 Aprils 2000) , und auch dank Pilgerfahrten Vaters des Heiligen Jan Pauls II in Łagiewnik (1997 und 2002). Dies führte zum Ausbau des Sanktuariums, ua. die neue Kirche entstand - Basilika, weihte der 17 Augusts 2002 Peter unser Zeiten. Auf diesem Platz traute der Papst die ganze Welt der Barmherzigkeit Gottes.