Kláštor Kongregácie Sestier Matky Božieho Milosrdenstva v Krakove - Lagievnikach vznikol ako nadácia kňaza Alexandra Lubomirského. Kňaz zložil do rúk kardinála Albína Dunajevského veľké prostriedky na dobročinné účely, z ktorých v roku 1889 bolo kúpených niekoľko hektárov poľa v obci Lagievniky pod Krakovom a nasledovne bolo postavené zariadenie pre dievčatá morálne zanedbané, kaplnka a kláštor pre Kongregáciu Sestier Matky Božieho Milosrdenstva. Celý areál bol oplotený murovaným plotom a nazvaný Jozefovom na počesť sv. Jozefa, ktorému sestry pripísavali zjednodušenie tejto nadácie pre vedenie svojho apoštolského diela.

20. Augusta 1891 kardinál Albín Dunajevský posvätil kaplnku pod vyznaním sv. Jozefa a väčšie krídlo budovy kláštora preznačil na Dom Milosrdenstva pre dievčatá a ženy potrebujúce hlbokú morálnu obnovu. Sestry viedli v ňom vychovávateľskú prácu, ktorá bola od začiatku opieraná na šanovaní hodnosti ľudskej osobnosti, opatrovaní kresťanských hodnôt a predovšetkým na budení dôvery k Bohu, bohatého v milosrdenstve a príprave k profesionálnej práci  a samostatnému hodnotnému životu v spoločnosti. Dôležitou úlohou v procese vychovania odohrávala práca, ktorá bola takisto aj zdrojom príjmov pre sestry a pestúnske dievčatá. V lagievnickom Dome Milosrdenstva boli pod vedením sestier riadené pracovne služieb bielych a farebných výšiviek, tkanín, práčovne, viazarne, výučba prác v záhradníctve a na hospodárstve.

Vychovávateľská činnosť vo forme celkovej starostlivosti nad dievčatami a ženami potrebujúcimi hlbokú morálnu obnovu v tzv. Dome Milosrdenstva bola uskutočňovaná od začiatku existencie kláštora do roku 1962, kedy národný orgán prevzal kongregácii vychovávateľské zariadenie a väčšiu časť areálu, zanechávajúc k ich dispozícii len jedno krídlo budovy kláštora, kaplnku, časť záhrady a cintorín.

Niekoľko rokov neskôr (v roku 1969) bolo v kláštore zorganizované zariadenie otvorenej starostlivosti pre mládež  sociálne neprispôsobivú pod názvom Zdroj, ktoré fungovalo do roku 1991.

V roku 1989 vrátil národný orgán kongregácii vychovávateľské zariadenie pre dievčatá, ktoré v súčasnosti nesie názov Vychovávateľské centrum pre mládež. Sestry v ňom vedú internát a 3 sekundárne školy: lýceum a profesionálnu kadernícku a gastronomickú školu pre dievčatá vo veku 15-18 rokov, ktoré potrebujú pomoc a morálnu obnovu.

Práve od skorého začiatku existencie tohto kláštoru v Krakove - Lagievnikoch, pretože od roku 1893 sa v ňom nachádza noviciát, ktorý s krátkou prestávkou je vedený až dodnes. V ňom, v priebehu dvoch rokov sa mladé generácie sestier pripravujú ku kláštornému životu a k uskutočňovaniu apoštolského diela.